第十一次党员代表大会于1999年1月18日至21日召开。在2572名党员中，选举产生并经上级党委批准党委委员21人、纪委委员9人。在第十一次党代会产生的党委会中选举党委常委9人，牛继升为党委书记。其间，2002年4月任命谢维和为党委书记；2004年2月任命许祥源为党委书记；2004年12任命刘利民为党委书记；2006年6月任命张雪为党委书记。2001年8月任命许祥源为党委副书记、校长；2002年2月任命赵文为党委副书记；2004年12月任命陈宁为党委副书记；2008年10月任命林蓉蓉为党委副书记；2011年4月任命缪劲翔为党委副书记。2004年12月任命林蓉蓉为党委常委、纪委书记；2009年11月任命潘亮为常委、纪委书记。2004年12月任命宫辉力、周建设为常委、副校长；2005年7月任命马常为党委常委、副校长；2008年10月任命王晓霞为副校长；2008年11月任命王晓霞、何奕騉为党委常委，任命何奕騉为副校长。